|
Секции Конференции
S3 Симпозиум с международным участием Биофизика сложных систем
Целью симпозиума является систематизация актуальных проблем биофизики сложных систем, и выявление тенденций научных исследований по различным направлениям вычислительной биологии и математического моделирования в биологии.
Сложная взаимосвязь процессов в живых системах обуславливает необходимость использования в исследованиях живых систем как экспериментальных методов, так и методов математического и компьютерного моделирования. Такой подход, получивший название «системная биология», позволяет в единой модельной системе представить данные о сложной биологической системе, полученные разными методами и относящиеся к разным временным и пространственным масштабам. Изучение свойств модели позволяет сформулировать новые вопросы и поставить новые задачи экспериментального исследования.
На пленарных и секционных заседаниях симпозиума будут обсуждаться проблемы применения методов вычислительной биологии для изучения субклеточных структур, жизнедеятельности и продуктивности микробных популяций, для решения задач медицинской и экологической биофизики. Специальные заседания будут посвящены проблемам молекулярного моделирования и использования методов квантовой химии, молекулярной динамики, крупнозернистого и броуновского моделирования при изучении процессов на разных уровнях организации живых систем.
На симпозиуме будут представлены на устных и стендовых сессиях и обсуждены работы молодых ученых, студентов и аспирантов совместно с ведущими специалистами в области молекулярной биологии, биофизики клетки, радиобиологии, спектроскопии, медицинской биофизики. В работе симпозиума предполагается участие специалистов из России, стран СНГ, Польши, Германии, Испании, Болгарии. Важной частью программы организаторы считают проведение тематических вечеров: история науки, издание российских научных журналов.
Программа симпозиума включает проведение тематических семинаров:
-
«Вычислительная и системная биология»
-
«Молекулярное моделирование»
-
«Медицинская и радиационная биофизика»
Организационный и программный комитет
- Андрей Борисович Рубин – член-корр РАН, зав. каф. биофизики биологического факультета Московского государственного университета имени М.В.Ломоносова – Председатель;
- Татьяна Юрьевна Плюснина – доцент каф. биофизики биологического факультета Московского государственного университета имени М.В.Ломоносова – Заместитель председателя Оргкомитета;
- Галина Юрьевна Ризниченко – профессор каф. биофизики биологического факультета Московского государственного университета имени М.В.Ломоносова – Заместитель председателя Программного комитета.
Расписание работы симпозиума 29 января - 1 февраля 2019 года- Вторник, 29 января, 9.30–11.30
Стендовая сессия W1, W3, W4 (2 этаж, холл)
- Вторник, 29 января, 19.00–20.00 Круглый стол R3
(Конференц-зал)
- Среда, 30 января, 9.30–11.15 Устные доклады W4
(Конференц-зал)
- Постнов Дмитрий Энгелевич (Саратовский государственный университет им. Н.Г.
Чернышевского, кафедра оптики и биофотоники) Математическое моделирование
процессов в паренхиме мозга: достижения и вызовы
- Браже Алексей Рудольфович (Московский государственный университет им.
М.В.Ломоносова, Биологический ф-т, каф. биофизики) Энтропия и сложность
пространственных паттернов
- Белоусов Никита Константинович (Тамбовский государственный университет им. Г.Р.
Державина, ИМФИ) О взаимодействии двух нейронных сетей
- Приходько Иван Владимирович (Москва, Национальный медицинский исследовательский
центра гематологии, лаборатория математического моделирования биологических
процессов) Пространство-временная организация Т-клеточных рецепторов при
выявлении патогена и её математические модели
- Душанов Эрмухаммад
(Дубна, Объединенный институт ядерных исследований, Лаборатория радиационной
биологии) Влияние мутаций NMDA рецептора на функционирование нейронных сетей
гиппокампа
- Среда, 30 января, 17.00–19.00 Устные доклады W1
(Конференц-зал)
- Ермаков Александр Сергеевич (Московский государственный университет им.
М.В.Ломоносова, Биологический факультет, кафедра Эмбриологии) Установление
лево-правой висцеральной асимметрии позвоночных: модели и гипотезы
- Потапова Татьяна Васильевна (Московский государственный университет им. М.В.
Ломоносова, НИИ физико-химической биологии имени А.Н. Белозерского, отдел
математических методов в биологии) Трихомы нитчатых цианобактерий как протип
многоклеточных организмов
- Новикова Полина Юрьевна (Ghent, VIB, Bioinformatics and Evolutionary
Genomics) Population structure, interploidy gene flow and adaptation to
polyploidy in Australian burrowing frogs Neobatrachus
- Земледельцев Денис Игоревич (Московский государственный университет им.
М.В.Ломоносова, Биологический ф-т, Кафедра Биологической эволюции)
Моделирование размножения эгоистичных генов и эгоистичных мемов в популяции по
аналогии с ростом штаммов бактерий на субстрате
- Маслаков Алексей Сергеевич (Московский государственный
университет им. М.В.Ломоносова, Биологический ф-т, каф. биофизики)
Моделирование индукции и затухания флуоресценции и кинетики изменения редокс
состояния P700 с помощью кинетического метода Монте-Карло
- Дегтерева Наталья Сергеевна (Московский государственный университет им.
М.В.Ломоносова, Биологический ф-т, каф. биофизики, Сектор информатики и
биофизики сложных систем) Исследование механизмов адаптации водоросли Chlorella в условиях азотного голодания
- Среда, 30 января17.00–19.00 Стендовая
сессия W2 (2 этаж, холл)
- Четверг, 31 января, 9.30–13.00 Устные доклады W2 (Малый
зал)
- Гущин Иван Юрьевич
(Московский физико-технический институт (государственный университет),
Лаборатория структурного анализа и инжиниринга мембранных систем) Белковая
кристаллография: получение, валидация и интерпретация атомарных структур для
молекулярного моделирования
- Хренова Мария Григорьевна (Московский государственный университет им.
М.В.Ломоносова, Химический ф-т) На пути к предсказательной теоретической
биохимии: квантово-топологический анализ взаимодействий в реакционных
интермедиатах и фоторецепторных системах
- Кузнецов Андрей Сергеевич (Москва, НИУ «Высшая школа экономики»,
Международная лаборатория суперкомпьютерного атомистического моделирования и
многомасштабного анализа) Димеризация трансмембранных доменов белков: роль
липидного окружения
- Коц Екатерина Дмитриевна (Московский государственный
университет им. М.В.Ломоносова, Химический факультет) Применение модели
состояний Маркова для определения потенциальных аллостерических центров на
поверхности белка RAS
- Федоров Владимир Андреевич (Московский государственный университет им.
М.В.Ломоносова, Биологический ф-т, каф. биофизики) Образование
электрон-транспортного белок-белкового комплекса пластоцианина и цитохрома f
высших растений, зеленой водоросли и цианобактерий
- Коваленко Илья Борисович (Московский государственный университет им.
М.В.Ломоносова, Биологический ф-т, каф. биофизики, Сектор информатики и
биофизики сложных систем) Молекулярное моделирование конформационной
подвижности белка тубулина
- Орехов Филипп Сергеевич (Московский физико-технический институт (государственный
университет), Лаборатория компьютерного и математического моделирования
биомолекул) Крупнозернистое моделирование взаимодействия ряда полимеров с биологическими мембранами
- Анашкина
Анастасия Андреевна (Институт
молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН) Характеристики и роль
конформационно-предопределенных сегментов полипептидной цепи в белках
- Закирьянов Фарит Кабирович (Уфа, Башкирский государственный университет, физико-технический институт, кафедра теоретической физики) Моделирование процесса переноса заряда в молекуле ДНК
- Четверг, 31 января, 13.00–15.00 Мастер-класс E3 (аудитория
322)
Современные методы разработки
лекарств: виртуальный скрининг и драг-дизайн.
Ведущие Филипп Сергеевич Орехов и Маринэ Евгеньевна Боздаганян На мастер-классе будут рассмотрены основные
подходы к поиску новых лекарств методами компьютерного моделирования:
фармакофорный поиск веществ, молекулярный докинг и анализ его результатов,
виртуальный скрининг библиотек химических веществ, патентный поиск и подбор
биоизостерных замен. Участники ознакомятся с сервисами Pharmit, Click2Drug, PoseView, MolPort, SureChembl. Все расчеты и
операции будут проводиться онлайн, поэтому установка дополнительного ПО не
потребуется. Просьба ко всем участникам зарегистрироваться через форму.
- Четверг, 31 января, 15.00–18.30 Устные
доклады W3 (Малый зал)
- Лобанов
Алексей Иванович (Московский
физико-технический институт (государственный университет)) Математические
модели свертывания крови – на пути от качественного описания к количественному
- Свешникова
Анастасия Никитична (Московский
государственный университет им. М.В.Ломоносова, Физический факультет)
Кодирование и декодирование информации системой внутриклеточной сигнализации
клетки на примере тромбоцита
- Колобов
Андрей Владимирович (Физический
институт имени Лебедева РАН) Оптимизация комбинированной противоопухолевой
терапии методами математического моделирования
- Балабин Федор Алексеевич (Москва, Центр теоретических проблем
физико-химической фармакологии РАН) Построение минимальной компьютерной модели
динамики концентрации кальция в цитоплазме тромбоцита
- Пономарев Илья Александрович (Московский физико-технический институт
(государственный университет)) Численное исследование режимов микроэболизации
коронарного кровооращения
- Мамаева Саргылана Николаевна (Якутск, Северо-Восточный федеральный университет
им. М.К. Аммосова, Физико-технический институт, Кафедра общей и
экспериментальной физики) Математическая модель электрических характеристик
эритроцитов с учетом группы крови по системе АВО
- Бугай Александр Николаевич (Дубна, Объединенный институт ядерных исследований,
Лаборатория радиационной биологии) Моделирование нарушения нейрогенеза при
действии тяжелых ускоренных заряженных частиц и его влияния на функционирование
нейронных сетей гиппокампа
- Красняков Иван Васильевич (Пермский национальный исследовательский
политехнический университет, ФПММ, кафедра ПФ) Математическое моделирование
образования опухолевых структур при росте карциномы
- Сапега Татьяна Сергеевна (Москва, ФГБУ НМИЦ гематологии МЗ РФ) Анализ
устойчивости проведения сигнала внутрь клетки на примере феноменологической
модели каскада PI3K-Akt-mTOR
- Колобков Дмитрий Сергеевич (Israel, Rehovot, Weizmann Institute of Science)
Использование нейронной сети для предсказания персонализованного
постпрандиального глюкозного ответа
- Пятница, 1 февраля, 10.00–13.30 Устные доклады W1 (Конференц-зал)
- Белотелов
Николай Вадимович (Москва,
Вычислительный центр им. А.А.Дородницына РАН) Агентная модель
«ресурс-потребитель»
- Романов
Михаил Сергеевич (Пущино, Институт
математических проблем биологии РАН) Матричная популяционная модель белоплечего
орлана: детерминизм или стохастичность?
- Фрисман
Ефим Яковлевич (член-корр. РАН,
Биробиджан, Институт комплексного анализа региональных проблем) Математические
модели популяционной динамики на основе рекуррентных уравнений
- Саранча Дмитрий Александрович (Москва, Вычислительный центр им. А.А. Дородницына
РАН, Отдел Механики сплошных сред ВЦ ФИЦ ИУ РАН) Разностные уравнения в
экологии (обоснование и применение)
- Козлов Константин Николаевич (Санкт-Петербург, Санкт-Петербургский политехнический
университет, НИЛ «Математическая биология и биоинформатика», ИПММ) Analysis of
a regression model for time to flowering in wild chickpea with
genotype-by-environment
- Беляева Наталья Евгеньевна (Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова,
Биологический ф-т, каф. биофизики) Регуляторные процессы, выявляемые при
световой индукции водорослей in vivo путем модельного анализа стадий нарастания
и спада сигнала флуоресценции
- Пятница, 1 февраля, 10.00–13.30 Устные доклады W2 (Малый
зал)
- Якушевич Людмила Владимировна (Пущино, Институт биофизики клетки РАН, Лаб.
Механизмов функционирования клеточного генома) Можно ли создать электронный аналог молекулы ДНК?
- Коваленко Илья Борисович (Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Биологический ф-т) Молекулярное моделирование конформационной подвижности белка тубулина
- Кривицкая Александра Вячеславовна (Москва, Российский химико-технологический
университет им. Д.И. Менделеева) Особенности электронной плотности и ключевые
взаимодействия в реакции гидролиза антибиотиков цефалоспоринового ряда
металло-β-лактамазой
- Тимохина Елена
(Москва, Институт биохимической физики им. Н.М.Эмануэля РАН) Ab initio изучение
влияния воды на возможность диссоциативного захвата электрона в растворе
ортофосфорной кислоты
- Никонов Эдуард Германович (Дубна, Объединенный институт ядерных исследований,
ЛИТ) Молекулярно-динамическое моделирование процессов транспортировки влажного
пара в пористую среду
- Сырбу Екатерина Николаевна (Тульский государственный университет) Портал
визуализации траекторий молекулярной динамики
- Метелешко Юлия Игоревна (Московский государственный университет им.
М.В.Ломоносова, Химический ф-т) Молекулярное моделирование мутантных форм белка
iLOV с хромофорами – производными флавина
- Левина Елена Олеговна (Московский физико-технический
институт (государственный университет)) Гидратация карбоксильной группы
диклофенака натрия
- Кулакова Анна Михайловна (Московский государственный университет им. М.В.
Ломоносова, Химический ф-т, кафедра физической химии) Молекулярное
моделирование механизма взаимодействия белка KRASG12C с соединениями ARS-853 и ARS-1620
- Армеев Григорий
(Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Биологический ф-т,
Кафедра биоинженерии) Создание молекулярных моделей нуклеосом и их комплексов
по разнородным экспериментальным данным
- Пятница, 1 февраля, 16.00–18.00
Мастер-класс E4 (аудитория 322)
Синтетическая биология Ведущий Алексей Константинович Шайтан (Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова) Синтетическая биология – одно из передовых
направлений биологии, развивающееся на стыке компьютерных, инженерных и
биологических наук. Одной из ключевых идей данного направления является
рассмотрение аналогий между принципами устройства биологических систем и
современных компьютерных систем, создаваемых человеком. Дискретное кодирование
генетической информации в молекулах ДНК по сути похоже на цифровое кодирование
информации в компьютерах. На сегодняшний день создаваемые человеком технические
системы превосходят по своей сложности многие природные биологические системы.
Синтетическая биология задается вопросом – какие инженерные подходы необходимо
внедрить в биологические науки, чтобы иметь возможность создавать новые
биологические системы высокого уровня сложности? Данный мастер-класс будет состоять из лекции,
которая осветит основные понятия и подходы синтетической биологии, и
практического занятия. На практическом занятии будет обсуждаться работа с
базами данных стандартных генетических элементов – «биологическим
конструкторами», программами автоматизации биологического проектирования (bio-design automation), а также создание логических переключателей на основе
генетических элементов.
|