|
|
S3 Анализ сложных биологических систем. Эксперимент и модели
Программа заседаний
27 января, вторник, 9.00–10.45
W1 Вычислительная и системная биология
Аудитория 1-208 университета «Дубна»
Ведущий: Александр Сергеевич Ермаков
- 9.00–9.30 Нечипуренко Юрий Дмитриевич (Москва, РУДН, НИИ развития мозга и высших достижений) Аллостерический эффект при связывании белков и антибиотиков на ДНК (Нечипуренко Ю.Д., Василенко Е.О., Угрюмов К.А., Туманян В.Г.)
- 9.30–10.00 Крупянский Юрий Федорович (Москва, ИНСТИТУТ ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ ИМ. Н.Н.СЕМЕНОВА РАН, Отдел строения вещества) Структурная организация ДНК в бактериях. Различные виды стресса (Крупянский Ю.Ф., Коваленко В.В., Лойко Н.Г., Терешкин Э.В., Генералова А.А., Терешкина К.Б., Соколова О.С., Петерс Г.С.)
- 10.00–10.15 Душанов Эрмухаммад (Дубна, ОБЪЕДИНЕННЫЙ ИНСТИТУТ ЯДЕРНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ, Лаборатория радиационной биологии) Аналитическое решение системы уравнений математической модели репарации прямых двунитевых разрывов ДНК (Васильева М.А., Бугай А.Н., Душанов Э.Б., Пархоменко А.Ю.)
- 10.15–10.25 Munkhbaatar Batmunkh (Dubna, Joint Institute for Nuclear Research, Laboratory of Radiation Biology) Радиобиологическая модель формирования различных типов повреждений ДНК и аберраций хромосом на ускорителях заряженных частиц (Батмунх М., Бугай А.Н., Баярчимэг Л.)
- 10.25–10.35 Цхай Александр Андреевич (Барнаул, Институт водных и экологических проблем СО РАН, лаборатория гидрологии и геоинформатики, доктор технических наук, профессор) Модельная оценка ассимиляции тяжелых металлов на примере меди в экосистеме Телецкого озера (Цхай А.А., Романов М.А.)
- 10.35–10.45 Nasibova Aygun Namiq (Baku, Baku State University, S3) Влияние радиационных факторов на некоторые объекты аквакультуры (Халилов Р.И., Насибова А.Н.)
27 января, вторник, 14.00–15.30
W1 Вычислительная и системная биология
Аудитория 1-208 университета «Дубна»
Ведущий: Юрий Дмитриевич Нечипуренко
- 14.00–14.30 Смолин Владимир Сергеевич (Москва, Институт прикладной математики им.М.В.Келдыша РАН, Сектор робототехники, отдел 5) Когнитивность биологических систем, цивилизационные знания и AGI
- 14.30–15.00 Ермаков Александр Сергеевич (Москва, МГУ имени М.В.Ломоносова, Биологический факультет, кафедра Эмбриологии) Профессор Л. В. Белоусов и загадка целостности живого
- 15.00–15.30 Аристов Владимир Владимирович (Москва, Федеральный исследовательский центр "Информатика и управление" РАН, Отдел механики) Поддержание пространственного распределения статистической энтропии в эпидермисе (Аристов В.В., Василенко Е.О., Нечипуренко Ю.Д.)
28 января, среда, 9.00–11.15
W1 Вычислительная и системная биология + W3 Медицинская биофизика
Аудитория 1-208 университета «Дубна»
Ведущие: Роман Николаевич Червицов, Юлия Алексеевна Чистякова
- 9.00–9.15 Бузмаков Максим Дмитриевич (Пермь, Пермский национальный исследовательский политехнический университет) Математическое моделирование развивающегося эпителия в условиях стеснённости в порах скаффолда (Бузмаков М.Д., Красняков И.В., Брацун Д.А.)
- 9.15–9.30 Красняков Иван Васильевич (Пермь, Пермский национальный исследовательский политехнический университет, кафедра "Прикладная физика") Построение математической модели роста эпителиальной ткани в перфузионном биореакторе (Красняков И.В., Бузмаков М.Д., Брацун Д.А.)
- 9.30–9.45 Батова Анна Сергеевна (Дубна, ОБЪЕДИНЕННЫЙ ИНСТИТУТ ЯДЕРНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ, Лаборатория Радиационной Биологии) Количественное описание роста объёма опухоли в пространственно-распределенной феноменологической модели с иммунным контролем (Батова А.С., Бугай А.Н., Устинов Н.В.)
- 9.45–10.00 Глебов Артем Александрович (Дубна, ОИЯИ, Лаборатория Радиационной Биологии, сектор математического моделирования радиационно-индуцированных эффектов) Сравнение динамики нейрогенеза у взрослых мышей после облучения рентгеновскими лучами с учетом изменения активации нервных стволовых клеток (Глебов А.А., Колесникова Е.А., Бугай А.Н.)
- 10.00–10.15 Загубная Ольга Анатольевна (Москва, НИИ ЦИТОХИМИИ И МОЛЕКУЛЯРНОЙ ФАРМАКОЛОГИИ, Лаборатория мультифизического моделирования биосистем) Теоретический анализ пространственно-временных распределений глутамата в модели изолированного синапса (Загубная О.А., Нарциссов Я.Р.)
- 10.15–10.30 Семенова Анжелика Николаевна (Москва, НИИ ЦИТОХИМИИ И МОЛЕКУЛЯРНОЙ ФАРМАКОЛОГИИ, Лаборатория вычислительной физиологии) Математическое моделирование распространения потенциалов действия по миелинизированному нервному волокну (Семенова А.Н., Машковцева Е.В., Нарциссов Я.Р.)
- 10.30–10.45 Этезова Фарида Муссаевна (Москва, НИИ ЦИТОХИМИИ И МОЛЕКУЛЯРНОЙ ФАРМАКОЛОГИИ, Сектор математического моделирования и статистической обработки результатов) Фармакокинетическое моделирование распределения метаболитов с учётом гемодинамики (Этезова Ф.М., Нарциссов Я.Р., Машковцева Е.В.)
- 10.45–11.00 Киреев Борис Владимирович (Москва, ФГБУН «Институт вычислительной математики им. Г.И. Марчука» РАН) Математическая модель иммунопатогенеза дерматомиозита (Киреев Б.В., Никитич А.Н., Соколов В.В., Песков К.В., Волкова А.А.)
- 11.00–11.15 Орлов Юрий Львович (Москва, РОССИЙСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ ДРУЖБЫ НАРОДОВ, Аграрно-Технологический Институт) Компьютерные оценки текстовой сложности геномов вирусов и бактерий (Дергилев А.И., Сафрыгина А.А., Орлов Ю.Л.)
28 января, среда, 16.00–19.00
Аудитория 1-208 университета «Дубна»
W4 Когнитивные биологические системы
Ведущий: Алексей Рудольфович Браже
- 16.00–16.30 Фатеев Илья Сергеевич (Москва, Физический институт им. П.Н.Лебедева РАН, Теоретический отдел) Связь химерных состояний, спайковых лавин и квазикритичности в супердиффузионных сетях
- 16.35–16.55 Ушаков Вадим Леонидович (Москва, Институт перспективных исследований мозга МГУ имени М.В. Ломоносова, ИПИМ МГУ) Теория графов, методы топологии и скрытые марковские модели в анализе структурных, функциональных и эффективных коннектомов головного мозга пациентов с диагнозом шизофрения и группы контроля
- 17.00–17.20 Лагоша Станислав Витальевич (Москва, МГУ им. М.В. Ломоносова, Биологический факультет, кафедра биофизики) Влияние бифуркаций в расширенной модели ходжкина-хаксли на динамику ансамбля нейро-глио-васкулярных единиц (Лагоша С.В.,Браже А.Р., Верисокин А.Ю., Вервейко Д.В.)
- 17.25–17.45 Лукин Павел Олегович (Курск, Курский государственный университет) Роль нейротрансмиттеров в модуляции активности элементов нейроглиоваскулярной единицы (Лукин П.О., Иванова П.Р., Лагоша С.В., Вервейко Д.В., Браже А.Р., Верисокин А.Ю.)
- 17.50–18.10 Солдатова Анастасия Евгеньевна (Москва, Институт биоорганической химии им.
академиков М.М.Шемякинa и Ю.A.Овчинникoва Российской академии наук, Группа нейрон-глиальной динамики, отдел молекулярной нейробиологии) Ритмическая активность гиппокампа мышей с моделью болезни Альцгеймера и при модуляции морфологии астроцитов (Солдатова А.Е., Браже А.Р.)
- 18.15–18.35 Браже Алексей Рудольфович (Москва, МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМ. М.В.ЛОМОНОСОВА, Биологический ф-т, каф. биофизики) Реконструкция морфологии астроцитов по конфокальным изображениям методом быстрого марша
29 января, четверг, 11.00–15.00
W2 Молекулярное моделирование
Аудитория «Новая» корпуса «ЛИК», кафедра биофизики биологического факультета МГУ имени М.В.Ломоносова, г. Москва, Ленинские горы, д. 1с24
Участников, не имеющих пропуска в МГУ, просим подойти к 10.30 – мы встретим вас на вахте корпуса ЛИК. Обратите внимание – это не основное здание Биологического факультета, а отдельный корпус.
Ведущие: Илья Борисович Коваленко, Мария Григорьевна Хренова, Алексей Константинович Шайтан
- 11.00–11.15 Карпычева Софья Александровна (Москва, НИИ ЦИТОХИМИИ И МОЛЕКУЛЯРНОЙ ФАРМАКОЛОГИИ, Лаборатория молекулярного моделирования) Исследование механизма связывания глицина и ионов с переносчиком GlyT1 с помощью методов молекулярного моделирования (Карпычева С.А., Ивонцин Л.А., Машковцева Е.В., Нарциссов Я.Р.)
- 11.15–11.30 Вольхин Илья Александрович (Москва, Московский государственный университет им. М. В. Ломоносова, Биологический факультет, кафедра биофизики) Механические свойства и конформационная подвижность филаментов белков AtubA/B2 и FtsZ в археях и бактериях: исследование методом молекулярной динамики (Вольхин И.А., Федоров В.А., Гудимчук Н.Б., Коваленко И.Б.)
- 11.30–11.45 Федоров Владимир Андреевич (Москва, МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМ. М.В.ЛОМОНОСОВА, Биологический ф-т, каф. биофизики) Анализ структурно-динамических свойств бактериальных микротрубочек методами молекулярного моделирования (Федоров В.А., Холина Е.Г., Гудимчук Н.Б., Коваленко И.Б. – приглашенный доклад)
- 11.45–12.00 Коваленко Илья Борисович (Москва, МГУ им. М.В. Ломоносова, Биологический факультет) Использование современных графических ускорителей для высокопроизводительных расчетов молекулярной динамики полимеров белков тубулина и FtsZ (Холина Е.Г., Федоров В.А., Гудимчук Н.Б., Коваленко И.Б. – приглашенный доклад)
- 12.00–12.15 Василенко Егор (Moscow, Engelhardt Institute of Molecular Biology) Скручивание ДНК в комплексах с белками: выбор метрик (Угрюмов К.А., Василенко Е.О., Калюжный Д.Н., Анашкина А.А., Нечипуренко Ю.Д.)
12.15–12.30 Перерыв. Кофе
- 12.30–12.45 Степанова Екатерина Юрьевна (Москва, НИИ ЦИТОХИМИИ И МОЛЕКУЛЯРНОЙ ФАРМАКОЛОГИИ, Лаборатория молекулярного моделирования) Исследование координации ионов в калий-хлорном котранспортере KCC2 с использованием молекулярно-динамического моделирования (Степанова Е.Ю., Ивонцин Л.А., Машковцева Е.В., Нарциссов Я.Р.)
- 12.45–13.00 Терёшкина Ксения Борисовна (Москва, ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ НАУКИ ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ЦЕНТР ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ ИМ. Н.Н. СЕМЕНОВА РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК, Отдел строения вещества) Сравнительное исследования влияния на ДНК и белок Dps бактерии Escherichia coli малых молекул групп антибиотиков и индукторов анабиоза (Терешкина К.Б., Терешкин Э.В., Коваленко В.В., Лойко Н.Г., Крупянский Ю.Ф.)
- 13.00–13.15 Зубова Елена Александровна (Москва, ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ НАУКИ ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ЦЕНТР ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ ИМ. Н.Н. СЕМЕНОВА РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК, отдел полимеров и композиционных материалов) Роль внешнего хелатирования катионов молекулой ДНК в полиморфизме ДНК (Зубова Е.А., Стрельников И.А.)
- 13.15–13.30 Тимошин Григорий Сергеевич (Москва, Центр теоретических проблем физико-химической фармакологии РАН) Моделирование генерации силы микротрубочками в экспериментах с лазерной ловушкой методом броуновской динамики (Тимошин Г.С., Ульянов Е.В., Виноградов Д.С., Атауллаханов Ф.И., Гудимчук Н.Б.)
- 13.30–13.45 Боздаганян Маринэ Евгеньевна (Москва, Shenzhen MSU-BIT University, School of Biology) Моделирование мембран хрусталика и поиск молекулярных стратегий замедления его старения (Боздаганян М.Е., Орехов Ф.С. – приглашенный доклад)
- 13.45–14.00 Вдовина Мария Валерьевна (Москва, МГУ им. М.В. Ломоносова, Химический факультет) Исследование конформационных переходов K-Ras(G12D) и K-Ras(G12C) в комплексе с YK-8S – новым ковалентным ингибитором онкогенных форм K-RAS (Вдовина М.В., Хренова М.Г.)
14.00–14.10 Перерыв. Кофе
14.10–15.00 Краткие сообщения
- Васюченко Екатерина Павловна (Москва, МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМ. М.В.ЛОМОНОСОВА, Биологический ф-т, каф. биофизики) Сравнительный анализ методов молекулярного докинга для моделирования взаимодействия пептида белка FtsZ с белками SepF и FtsA (Васюченко Е.П., Холина Е.Г., Гудимчук Н.Б., Коваленко И.Б.)
- Косарим Никита Александрович (Москва, МГУ им. М.В. Ломоносова, Биологический факультет) Влияние точечной замены A40S в гистоне H2A на стабильность и динамику нуклеосом: исследование методом молекулярной динамики (Косарим Н.А., Шайтан А.К.)
- Коробов Николай Андреевич (Москва, ФГБОУ ВПО МГТУ "СТАНКИН", кафедра "Прикладная математика") Конформационный поиск молекулярных кластеров (H2SO4)n(NH3)m с автоматическим генерированием исходных данных (Назаренко К.М., Коробов Н.А., Марков П.Н., Назаренко Е.С., Надыкто А.Б.)
- Краснобаева Лариса Александровна (Томск, Томский государственный университет, Томский гос. Ун-т , Физический ф-т кафедра теоретической физики) О двух моделях нелинейной динамики плазмиды pTTQ18 (Краснобаева Л.А., Якушевич Л.В.)
- Литус Екатерина Андреевна (Пущино, ФГБУН «Федеральный исследовательский центр «Пущинский научный центр биологических исследований РАН», Институт биологического приборостроения РАН) Разработка гетероциклических соединений, способных препятствовать фибриллообразованию β-амилоидного пептида (Шевелёва М.П., Дерюшева Е.И., Доценко В.В., Долганов А.А., Аликова В.Д., Пермяков С.Е., Литус Е.А.)
- Абатурова Анна Михайловна (Москва, МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМ. М.В.ЛОМОНОСОВА, Биологический ф-т, каф. биофизики, Сектор информатики и биофизики сложных систем) Влияние областей диффузии цитохрома С вблизи III и IV дыхательных комплексов в респирасоме митохондрий на кинетику его связывании с III комплексом (Абатурова А.М., Ризниченко Г.Ю.)
- Науменко Марина Владимировна (Казань, ОБЪЕДИНЕННЫЙ ИНСТИТУТ ЯДЕРНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ, Лаборатория нейтронной физики) Молекулярно-динамическое моделирование взаимодействия сульфорафана с липидными мембранами DMPC (Науменко М.В., Душанов Э.Б., Дрожжин Н.А., Горшкова Ю.Е.)
- Шевелёва Марина Петровна (Пущино, ИНСТИТУТ БИОЛОГИЧЕСКОГО ПРИБОРОСТРОЕНИЯ РАН) Моделирование конъюгатов ибупрофена с эналаприлатом и аргатробаном и их комплексов с мономерной и протофибриллярной формами β-амилоидного пептида (Шевелёва М.П., Дерюшева Е.И., Мачулин А.В., Аликова В.Д., Пермяков С.Е., Литус Е.А.)
- Овчинникова Юлия Игоревна (Красноярск, Сибирский федеральный университет) Сравнение динамики люцифераз двух типов в комплексе с продуктами реакции (Овчинникова Ю.И., Деева А.А.)
- Глушенков Андрей Николаевич (Симферополь, Крымский федеральный университет имени В.И. Вернадского, Физико-технический институт) Локализация протона в водородных связях между парами нуклеиновых оснований (Глушенков А.Н., Комаров В.М., Гриневич А.А.)
|
