English
!

Доклады

QASDOM: мета-сервер для анализа, оценки и ранжирования моделей белок-белкового докинга

Анашкина А.А., Кравацкий Ю.В., Кузнецов Е.Н.1, Аджубей А.А.

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН, Россия, 119991, Москва, Вавилова 32, nastya@eimb.ru

1Институт проблем управления им. В.А. Трапезникова РАН, Россия, 117997, Москва, ул. Профсоюзная, д. 65

Сервер QASDOM (Quality ASsessment of Docking Models) это простой и эффективный инструмент для одновременного анализа, оценки и ранжирования наборов моделей взаимодействия рецептор-лиганд (комплексов), построенных методами глобального докинга, в режиме реального времени. Моделирование при помощи нескольких серверов, использующих разные алгоритмы докинга, позволяет более достоверно предсказать сайты взаимодействия. Однако оценка и сравнение всех моделей экспертом трудоемка и практически неприменима для большого объема такого моделирования. Данный инструмент разработан для пользователей, которым необходимо проанализировать набор моделей докинга большого объема, полученный разными способами и инструментами предсказания, оценить вероятность вовлечения тех или других остатков в процесс узнавания, ранжировать модели по критериям качества и выбрать наилучшую модель. Сервер позволяет визуализовать участки последовательности рецептора и лиганда, вовлеченные во взаимодействия, и отобразить в трехмерном пространстве структуры моделей комплекса рецептор-лиганд.

Каждой модели присваивается две независимых оценки, характеризующие качество модели в данном наборе моделей докинга. В качестве входных данных сервер QASDOM принимает модели докинга в формате PDB, построенные серверами Hex, SwarmDock, ClusPro, Gramm-X, Zdock, а также любые другие модели комплексов в формате PDB, заархивированные в форматах zip, tar, tar.gz или без архивации. В качестве рецептора и лиганда в комплексах могут рассматриваться молекулы любой природы, включая белок-нуклеиновые комплексы, и допускаются любые химические модификации в составе рецептора или лиганда. Сервер применялся для изучения моделей комплексов в работах [1] и [2].

Работа выполнена при поддержке грантов РНФ 14-24-00100 и РФФИ 15-04-99605.

© 2004 Дизайн Лицея Информационных технологий №1533