Python для биологов

Мы рекомендуем использовать дистрибутив "Конда". Конда - удобный менеджер пакетов для питона. Он позволяет создавать окружения для разных версий питона/наборов пакетов, тем самым помогая избежать возможные несовместимости/конфликты.

Что важно для нас, Конда устанавливается буквально в один клик на всех трех популярных платформах (Win, Mac, Linux) и поддерживает большинство научных пакетов, а так же включает в себя pip (для установки всего остального).

Конда существует в двух версиях:

полная (Анаконда) со 100 предустановленными пакетами. Занимает 3 Gb, скачивается отсюда - http://continuum.io/downloads;
минимальная (Миниконда). В этой версии необходимо установить нужные пакеты самому, скачивается она отсюда - http://conda.pydata.org/miniconda.html

Для работы нужен дистрибутив, основанный на Python 2.7 (не Python 3.5!). Пожалуйста, загрузите версию дистрибутива, соответствующую Вашей операционной системе. Если Вы не знаете разрядность операционной системы (64 или 32 бита), наберите команду arch в Linux или посмотрите окно "Свойства компьютера" в Windows.

Инструкция по установке:

1. Linux/Macos X. Загрузить подходящую версию миниконды. В окне терминала перейти в папку с загруженным файлом и запустить его: bash Miniconda-latest-Linux-x86_64.sh (для 64-разрядной системы) и следовать вопросам установщика. Можно выбирать установки по умолчанию, т.к. в дальнейшем в любой момент их можно будет изменить.

После окончания установки нужно закрыть окно терминала и открыть его заново, чтобы изменения вступили в силу.

Для тестирования установки нужно выполнить в терминале команду conda list. Если установка прошла успешно, то появится список установленных пакетов.

Для установки всего стандартного набора пакетов (порядка 100), достаточно выполнить в терминале простую команду conda install. (!) Такая установка требует около 3 Гб дискового пространства.

Для поиска дополнительных пакетов (вне зависимости от установки стандартного набора) необходимо выполнить команду conda search имя_пакета, а затем, если нужный пакет найден - conda install <имя_пакета>. К пакетам, которые обязательно нужно установить, относятся numpy и matplotlib, желательно также установить scipy:

conda install numpy

conda install matplotlib

conda install scipy

Для участия в других мастер-классах Вам могут потребоваться дополнительные пакеты.Если нужного пакета не нашлось в дистрибутиве, то можно повторить поиск по более широкой базе пакетов, используя команду pip search <имя_пакета> / pip install <имя_пакета> (например, для установки пакета ProDy достаточно просто ввести в терминале команду pip install prody).

2. Windows. Пользователи Windows могут загрузить подходящую версию миниконды со страницы http://conda.pydata.org/miniconda.html и запустить загруженный exe файл двойным кликом по нему. Затем необходимо следовать рекомендациям установщика, можно выбирать настройки по умолчанию. По окончанию установки, должно открыться новое окно терминала, если это по какой-то причине не произошло, то терминал выбрать меню Пуск - Выполнить, ввести команду cmd и нажать клавишу Enter.

Дальнейшие шаги по поиску и установки дополнительных пакетов аналогичны описанным выше в разделе для Linux/Macos X.

Мастер-класс

23 января, понедельник, 14.00-18.00

Введение в язык программирования Python для решения биологических задач и визуализации научных данных

Инструкция по установке: