|
Архив публикацийСпецифичность контактов в комплексах белок-ДНККомпьютерные исследования и моделирование Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика", 2009 (в печати). Том 1 (3). (принято к публикации) С помощью разбиения Вороного-Делоне определены контакты между белками и нуклеиновыми кислотами в комплексах белок-ДНК. Приблизительно треть всех контактов составляют контакты с положи-тельно заряженными аминокислотами Arg и Lys, 32,3%. Ser и Thr дают в сумме следующий по величине вклад — 15%. Asn образует 6% контактов, также как и Gly. Установлено, что вклад каждой из остальных аминокислот не превышает 5%. Статистически значимыми являются контакты типа Asp-G, Trp-C, Glu-C, Asp-C и His-T. Предложен общий механизм участия отрицательно заряженных остатков в специфических взаимодействиях белок-ДНК. |