|
Архив публикацийТезисыXXVIII-ая конференцияВизуализация траекторий молекулярной динамики в СетиТульский государственный университет. 300012, г.Тула, пр. Ленина, 92 ИМПБ РАН - филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН. 142290, Московская область, г.Пущино, ул. проф. Виткевича, 1, ИМПБ РАН. ilya_lihachev@mail.ru 1 стр. (принято к публикации)При проведении крупных серий молекулярно-динамических численных экспериментов в научных лабораториях накапливается большое количество траекторий молекулярной динамики. Возникает потребность в средстве коллективной работы с ними. Цель данной работы – создание интернет-портала, позволяющего визуализировать траектории в сети. Существует множество программ, которые могут предоставить схожий функционал, но большинство из них являются программными продуктами, предназначенными исключительно для использования на персональном компьютере, к ним относятся VMD, PyMOL и TAMD. Помимо уже упомянутых программных продуктов, также существуют сервисы, позволяющие просматривать статические структуры (PDB-файлов) в сети, но они не обладают функционалом, позволяющим визуализировать трехмерное интерактивное молекулярное кино в сети, если не считать сервисы, которые предоставляют доступ к заранее снятому видео со структурой. Нами был разработан клиент-серверный программный пакет – Портал анализа траекторий молекулярной динамики – со следующими возможностями: ● Визуализация траекторий молекулярной динамики в виде трехмерного интерактивного молекулярного кино. ● Хранение базы данных вычислительных экспериментов. ● Построение характеристик от времени. ● Хранение базы рассчитанных характеристик. ● Возможность коллективной работы с результатами вычислительных экспериментов. ● Наличие клиент-серверной архитектуры. Как следствие, перенос вычислительной нагрузки на сервер. ● Использование Портала в качестве проигрывателя для демонстрационного материала. ● Интерактивное выделение подструктур (изменение цвета, размера, видимости отдельных групп атомов ) Сервис должен послужить сетевой альтернативой существующим программам анализа траекторий. Текущая структура Портала позволяет добиться масштабируемости, переноса вычислительной нагрузки на серверное аппаратное обеспечение, коллективной работы над вычислительными экспериментами, а также минимизации сетевого трафика. Материалы доклада |