|
Архив публикацийТезисыXX-ая конференцияРоль электростатических взаимодействий в образовании предварительных комплексов белков пластоцианина и цитохрома f, барназы и барстараМосковский государственный университет им. М.В. Ломоносова, биологический ф-т, кафедра биофизики, Россия, 119991, Москва, Ленинские горы 1, стр. 12, +7(495)9390289, abaturova@list.ru 1 стр. (принято к публикации)Моделирование связывания белков является важным этапом для понимания процесса их функционирования. С помощью компьютерной программы многочастичной броуновской динамики ProKSim [1] мы промоделировали образование предварительных комплексов двух пар небольших глобулярных белков. Белки пластоцианин (Пц) и цитохром f (Цит) являются компонентами фотосинтетической электрон-транспортной цепи растений. Барназа (Бн) принадлежит к классу бактериальных рибонуклеаз, барстар (Бс) – её ингибитор. В программе ProKSim моделировалось броуновское движение молекул с учётом электростатических взаимодействий. Координаты атомов белков мы взяли из Protein Data Bank для комплексов: Пц и Цит — 2PCF, Бн и Бс — 1BGS. Рассматривались молекулы, минимальное расстояние от атомов которых до атомов их белков-партнёров было меньше 5 Å (в случае без электростатических взаимодействий) или энергия электростатического притяжения была меньше –kT. Мы разбили пространство вокруг молекул белков Цит и Бн на ячейки с шагом 1 Å и получили распределение вероятности положения центра масс Пц и Бс относительно молекул белков-партнёров. При моделировании без учёта электростатических взаимодействий вероятности распределены равномерно в пространстве около молекул Цит и Бн. При моделировании с учётом электростатических взаимодействий для Пц наблюдается один максимум вероятности положения центра масс, соответствующий экспериментально определённому положению молекулы Пц в комплексе с Цит. Для Бс наблюдается два максимума распределения вероятности. Один находится вблизи экспериментально определённого положения молекулы Бс в комплексе с Бн. Второй максимум, как и в работе [2], находится около Lys 66, далеко от сайта связывания. Работа поддержана грантами РФФИ 12-04-31839-мол_а и 12-07-33036-мол_а_вед.
Литература 1. Хрущёв С.С., Абатурова А.М., Устинин Д.М., Громов П.А., Коваленко И.Б., Грачёв Е.А., Ризниченко Г.Ю. Програмное обеспечение ProKSim для моделирования взаимодействия белков с помощью метода многочастичной броуновской динамики // Математика. Компьютер. Образование. Сб. научных тезисов, 2012. Стр. 44. 2. Spaar A, Dammer C, Gabdoulline RR, Wade RC, Helms V. Diffusional encounter of barnase and barstar // Biophys. J. 90, 2006,1913-1924. |
