Архив публикаций

Тезисы

XX-ая конференция

Анализ взаимного пространственного расположения аминокислот и нуклеотидов в структурах днк-белковых комплексов

Анашкина А.А., Кузнецов Е.Н.¹, Есипова Н.Г., Туманян В.Г.²

ИМБ РАН, Россия, 119991, Москва, ул.Вавилова, д. 32, Тел.: (499)135-13-92, факс: (499)135-14-05, E-mail: nastya@imb.ac.ru

¹ИПУ РАН, Россия, 117997, Москва, ул. Профсоюзная, д. 65

²3МФТИ, Россия, 141700, Московская область, г. Долгопрудный, Институтский переулок, 9

1  стр. (принято к публикации)

Если предположить существование принципов распознавания белком ДНК, то сформированный комплекс белка со специфическим участком ДНК должен нести «следы» таких принципов, отражающихся в частотах «прямых контактов» между атомами аминокислот белка и атомами нуклеотидов ДНК. В качестве геометрической основы исследования контактов белок-ДНК был выбран метод Вороного-Делоне[1]. Ранее это разбиение использовалось для анализа белок-белковых взаимодействий [2]. Были проанализированы 1937 комплексов белок-ДНК из PDB. Моделирование случайных и неслучайных контактов выявило, что около 35% контактов между аминокислотами белка и нуклеотидами ДНК являются неслучайными. Доля положительно заряженных аминокислотных остатков Arg и Lys в интерфейсах вдвое больше, по сравнению с составом белка в целом, также заметное увеличение наблюдается для серина и треонина. Отрицательно заряженные остатки присутствуют в 80% белок-ДНК интерфейсов в количестве от 1 до 14. Анализ контактов между атомами выявил, что большая часть контактов между аминокислотами и нуклеотидами не затрагивает атомы нуклеиновых оснований, и в таких контактах затрагиваются только атомы сахарофосфатного остова.

Литература

1. Медведев, Н., Метод Вороного-Делоне в исследовании некристаллических структур. Новосибирск, 2000,: СО РАН.

2. Anashkina A., Kuznetsov E., Esipova N., Tumanyan V., Comprehensive statistical analysis of residues interaction specificity at protein-protein interfaces //Proteins 67(4), 2007, pp. 1060-1077.

3. Anashkina AA, Tumanian VG, Kuznetsov EN, Galkin AV, Esipova NG. Geometrical analysis of protein-DNA interactions on the basis of the Voronoi-Delaune tessellation. Biofizika 53(3), 2008. Pp. 402-406.

• открыть в PDF формате (на русском языке) (PDF)