|
Тематический семинар
W1. Молекулярное моделирование
Исследования с применением методов квантовой химии, молекулярной и броуновской динамики играют важную роль в изучении самых разных объектов. В рамках семинара предполагается обсуждение физических основ молекулярного моделирования и его применения в различных областях науки и техники.
Ведущие — Илья Коваленко и Мария Хренова
Устные доклады (25 января, среда, 9:30 – 11:15) Малый зал корпуса клетки
- 9.30-9.50 Коваленко Илья Борисович, Хренова Мария Григорьевна (Москва, МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМ. М.В.ЛОМОНОСОВА, Биологический ф-т, каф. биофизики, Сектор информатики и биофизики сложных систем) Современные методы молекулярного моделирования (Коваленко И.Б., Хренова М.Г.)
- 9.50-10.10 Гудимчук Никита Борисович (Москва, МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМ. М.В.ЛОМОНОСОВА, Физический ф-т, каф. биофизики) Исследование конформации ГТФ-тубулина и ее роли для полимеризации микротрубочки (Гудимчук Н.Б., Орлова М.В., Федоров В.А., Коваленко И.Б.)
- 10.10-10.30 Жмуров Артём Андреевич (Долгопрудный, Московский физико-технический институт, Кафедра вычислительной математики, Лаборатория физиологии человека) Структурные особенности процесса полимеризации фибрина (Жмуров А.А., Протопопова А.Д., Литвинов Р.И., Жуков П.И., Мухитов А.Р., Жмурова Н.В., Вайзел Дж., Барсегов В.А.)
- 10.30-10.50 Холина Екатерина Георгиевна (Москва, МГУ им. М.В. Ломоносова, Биологический факультет) Создание крупно-зернистой модели наружной мембраны клеточной стенки P.aeruginosa (Холина Е.Г., Коваленко И.Б., Орехов Ф.С., Боздаганян М.Е., Страховская М.Г.)
- 10.50-11.15 Федоров Владимир Андреевич (Москва, Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, Биологический ф-т, Кафедра биофизики.) Роль электростатических взаимодействий в формировани электрон-транспортного комплекса белков пластоцианина и цитохрома f цианобактерии P. laminosum (Федоров В.А., Хрущев С.С., Коваленко И.Б.)
Стендовая сессия (25 января, среда, 16:30 – 18:30) Холл перед малым залом корпуса клетки
Устные доклады (26 января, четверг, 15:00 – 18:00) Круглый зал
- 15.00-15.20 Коц Екатерина Решение задач ферментативного катализа методами молекулярной динамики (Коц Е.Д., Хренова М.Г., Лущекина С.В., Григоренко Б.Л., Немухин А.В., Варфоломеев С.Д.)
- 15.20-15.40 Пыркова Дарья Владимировна (Москва, Институт биоорганической химии им. академиков М.М.Шемякинa и Ю.A.Овчинникoва Российской академии наук, Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской Академии Наук (ИБХ РАН)) Воспроизводимость свойств двух-компонентных липидных мембран в различных силовых полях (Пыркова Д.В., Ефремов Р.Г.)
- 15.40-16.00 Боздаганян Маринэ Евгеньевна (Москва, ФГБУ ФНКЦ ФМБА России, Лаборатория молекулярного моделирования) Изучение динамики липидных рафтов методом молекулярной динамики (Боздаганян М.Е., Коваленко И.Б., Шайтан К.В.)
- 16.00-16.20 Орехов Филипп Сергеевич (Долгопрудный, МОСКОВСКИЙ ФИЗИКО-ТЕХНИЧЕСКИЙ ИНСТИТУТ (ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ), Лаборатория компьютерного и математического моделирования биомолекул) Реконструкция решеток, сформированных трансмембранными фоторецепторами архебактерий, методами компьютерного моделирования (Орехов Ф.С., Steinhoff H.-J., Engelhard M., Шайтан К.В.)
16.20-16.40 Перерыв
- 16.40-17.00 Чугунов Антон Олегович (Москва, Институт биоорганической химии им. академиков М.М.Шемякинa и Ю.A.Овчинникoва Российской академии наук, лаборатория моделирования биомолекулярных систем) От молекулярных поверхностей к картам: как «белковая топография» помогает раскрыть структурно-функциональные зависимости в белках и пептидах (Чугунов А.О., Ефремов Р.Г.)
- 17.00-17.20 Власов Алексей Валерьевич Анализ данных малоуглового рентгеновского рассеяния липидных in-meso фаз (Власов А.В., Зиновьев Е.В., Суслов Д.А., Горделий В.И.)
- 17.20-17.40 Зленко Дмитрий Владимирович (МГУ) Молекулярная модель сопряженных рядов фикобилисом и фотосистем в цианобатериях (Зленко Д.В.)
- 17.40-18.00 Нестеренко Алексей Михайлович (Москва, Московский Государственный Университет им. М.В. Ломоносова, НИИФХБ им. А.Н. Белозерского) Автоматическая система генерации молекулярно-механических моделей молекул на основе их хеминформатического анализа (Нестеренко А.М., Зленко Д.В., Галочкина Т.В., Мамонов П.А.)
Устные доклады (27 января, пятница, 9:30 – 11:15) Малый зал корпуса клетки
- 9.30-9.50 Москвин Александр Сергеевич (Ekaterinburg, Ural Federal University, Department of Theoretical Physics) Электронно-конформационная модель рианодиновых каналов сердечной клетки (Москвин А.С.)
- 9.50-10.10 Касумов Эльдар Алиш оглы (Домодедово, Научно-Производственный Центр «КОРВЕТ» ) Теоретический расчет энергобаланса скручивания b2 субъединиц АТФ-синтазы (Касумов Э.А., Беляев И.Н., Касумов Р.Э., Касумова И.В.)
- 10.10-10.30 Анашкина Анастасия Андреевна (Москва, ИНСТИТУТ МОЛЕКУЛЯРНОЙ БИОЛОГИИ ИМ. В.А.ЭНГЕЛЬГАРДТА РАН) QASDOM: мета-сервер для анализа, оценки и ранжирования моделей белок-белкового докинга (Анашкина А.А., Кравацкий Ю.В., Кузнецов Е.Н., Аджубей А.А.)
- 10.30-10.50 Рулев
Максим Игоревич (Дубна, Объединенный институт ядерных исследований) Исследование
липидных структур методом малоуглового рассеяния нейтронов на исследовательском
реакторе ИБР-2М (Соловьев Д.В., Иваньков А.И., Рижиков Ю.Л., Рогачев А.В., Ковалев Ю.С., Горделий В.И., Куклин А.И.)
- 10.50-11.15 Мильчевский Юрий Викторович (Москва, ИНСТИТУТ МОЛЕКУЛЯРНОЙ БИОЛОГИИ ИМ. В.А.ЭНГЕЛЬГАРДТА РАН) Предсказание локальной структуры белка по последовательности, основанное на физико-химических свойствах аминокислот (Мильчевский Ю.В., Никитин А.М., Лукшин С.А., Мильчевская В.Ю., Туманян В.Г.)
Стендовая сессия (25 января, среда, 16:30 – 18:30) Холл перед малым залом корпуса клетки
- Белега Елена Дмитриевна (Москва, МГУ им. М.В. Ломоносова, Химический факультет, каф. физической химии) Фазы и фазовые переходы в малых кластерах молекул воды (Белега Е.Д.)
- Березюк Никита Сергеевич (Долгопрудный, Лаборатория математического моделирования в механике биомеханике и биофизике) Изучение наномеханики β-спиральных структур методами молекулярного моделирования in silico (Березюк Н.С, Жмуров А.А.)
- Васильева Людмила Юрьевна (Москва, Московская Академия Водного Транспорта, кафедра Естественно-научных и математических дисциплин) Обсуждение квантово-химического подхода при моделировании активных центров ферментативных систем (Васильева Л.Ю., Уварова Л.А., Романова Е.Ю.)
- Васильева Людмила Юрьевна (Москва, Московская Академия Водного Транспорта, кафедра Естественно-научных и математических дисциплин) Теоретические методы, используемые при моделировании электронной структуры активных центров бионанокомплексов (Васильева Л.Ю., Уварова Л.А., Романова Е.Ю.)
- Глушков Григорий Иванович (Воронеж, Воронежский государственный университет, кафедра физики полупроводников и микроэлектроники) Моделирование спиновой поляризации одностенных углеродных нанотрубок (0,9) во внешнем электрическом поле (Глушков Г.И., Тучин А.В.)
- Гринева Ольга Витальевна (Москва, Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова, химический факультет) Гидратация глицина в кристаллах и кластерах (Гринева О.В.)
- Душанов Эрмухаммад (Дубна, ОБЪЕДИНЕННЫЙ ИНСТИТУТ ЯДЕРНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ, Лаборатория радиационной биологии) Молекулярное моделирование отдельных этапов восстановления ЦПД-фотоповреждений ДНК (Душанов Э.Б.)
- Каспер Юлия Викторовна (Воронеж, Воронежский государственный университет) Электронная структура сжатого мультиграфена (Каспер Ю.В., Тучин А.В., Битюцкая Л.А.)
- Ключников Евгений Павлович (Долгопрудный, Московский физико-технический институт(ГУ), Лаборатория компьютерного и математического моделирования биологических систем) Использование агентного моделирования в биологических задачах реакции-диффузии (Ключников Е.П., Жмуров А.А.)
- Колтовая Наталия (Дубна, Объединенный институт ядерных исследований, Лаборатория радиационных исследований) Влияние замены Р32Т на взаимодействие между протомерами инозин трифосфат пирофосфогидролазы человека hITPA (Душанов Э.Б., Колтовая Н.А.)
- Коробов Николай Андреевич (ФГБОУ ВПО МГТУ "СТАНКИН", кафедра "Прикладная математика") Эффективные средства автоматизации математического моделирования молекулярных и наносистем (Назаренко К.М., Назаренко Е.С., Марков П.Н., Коробов Н.А.)
- Куцова Дарья Сергеевна (Воронеж, Воронежский государственный университет) Влияние параметров импульсного нагрева на эффективность десорбции в силикалите при молекулярно-динамическом моделировании (Куцова Д.С., Богатиков Е.В., Шебанов А.Н., Бормонтов Е.Н.)
- Лихачев Илья Вячеславович (Пущино, ИНСТИТУТ МАТЕМАТИЧЕСКИХ ПРОБЛЕМ БИОЛОГИИ РАН, ЛМД) Технология создания трехмерных моделей белковых комплексов в образовательном процессе (Маленков А.П., Лихачев И.В.)
- Минин Кирилл Андреевич (Долгопрудный, МОСКОВСКИЙ ФИЗИКО-ТЕХНИЧЕСКИЙ ИНСТИТУТ (ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ), Лаборатория компьютерного и математического моделирования биологических систем) Крупнозернистая модель для описания биомолекулярных систем, содержащих ДНК и белок (Минин К.А., Кириллов И.В., Ягафарова К.М., Жмуров А.А.)
- Моисеенко Денис Юрьевич (Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова, Биологический ф-т) На пути к валидированию модели четырехкомпонентной липидной мембраны (Моисеенко Д.Ю., Зленко Д.В.)
- Назаренко Екатерина Сергеевна (Москва, ФГБОУ ВО МГТУ "СТАНКИН", кафедра "Прикладная математика") Термохимические характеристики ионов (NH4+)(NH3)(H2O)n и (NH4+)(NH3)(H2SO4)(H2O)n (Назаренко Е.С., Марков П.Н., Назаренко К.М., Надыкто А.Б.)
- Неелов Игорь Михайлович (Санкт-Петербург, Институт Высокомолекулярных Соединений РАН, лаборатория Теории и моделирования полимеров / Университет ИТМО ) Взаимодействие лизиновых дендримеров с фрагментами амилоидных пептидов и фибрил. Молекулярная динамика (Хамидова Д.Н., Попова Е.В., Ильяш М.Ю., Неелов И.М.)
- Омарова Анна Георгиевна (Москва, МГУ, Биологический факультет, каф. биофизики) Исследование свойств связанной воды над различными типами поверхностей методом молекулярной динамики (Омарова А.Г., Зленко Д.В.)
- Подпорин Дмитрий Александрович (Пущино, Пущинский государственный естественно-научный институт) Анализ пространственной структуры двух диоксигеназ - деструкторов нефти (Подпорин Д.А., Кондратьев М.С.)
- Попова Елена Викторовна (Санкт-Петербург, ФГУП НИИ гигиены, профпатологии и экологии человека ФМБА России, лаборатория химического моделирования) Молекулярно-динамическое моделирование взаимодействия лизинового дендримера 2-го поколения и пептида Семакс (Попова Е.В., Неелов И.М.)
- Рожок Илья (Долгопрудный, МОСКОВСКИЙ ФИЗИКО-ТЕХНИЧЕСКИЙ ИНСТИТУТ (ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ), Лаборатория компьютерного и математического моделирования биологических систем) Изучение равновесных и механических свойств фибринового геля методом компьютерного моделирования (Рожок И.Е, Жмуров А.А.)
- Рулев Максим Игоревич (Дубна, ОИЯИ, ЛНФ, группа ЮМО) Исследование бинарных смесей ДПФХ и ПОФХ методами измерения плотности и МУР вблизи точки фазового перехода (Рулев М.И., Соловьев Д.В., Иваньков А.И., Рижиков Ю.Л., Рогачев А.В., Ковалев Ю.С., Горделий В.И., Куклин А.И.)
- Судаков Роман Владимирович (Москва, МГУ, Биологический факультет) Изучение фотоактивации белка ОСР методами молекулярной динамики (Судаков Р.В., Зленко Д.В.)
- Суковатый Лев Алексеевич (Красноярск, Сибирский федеральный университет) Структурная динамика белков семейства бактериальной люциферазы и связь с выполняемой функцией (Суковатый Л.А., Деева А.А., Немцева Е.В.)
- Терёшкина Ксения Борисовна (Москва, ИНСТИТУТ ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ ИМ. Н.Н.СЕМЕНОВА РАН, Отдел строения вещества) Динамика начальной стадии кристаллизации додекамеров ДНК-связывающего белка DPS (Терешкина К.Б., Синицын Д.О., Чуличков А.Л., Крупянский Ю.Ф.)
- Трегубова Мария Андреевна (Москва, ИХФ РАН) Статистическая модель спонтанного деления в растворах (Трегубова М.А., Зленко Д.В., Стовбун С.В.)
- Федосов Максим Евгеньевич (Москва, ФГБОУ ВО МГТУ "СТАНКИН", кафедра: прикладная математика) Оценка временных характеристик вычислительных экспериментов с использованием квантово-химических методов (Федосов М.Е.,Коробов Н.А.,Назаренко К.М.)
- Холявка Марина Геннадьевна (Воронеж, ВОРОНЕЖСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ, Кафедра биофизики и биотехнологии) Надмолекулярная организация экзо- и эндоинулиназ: сравнительный аспект (Холявка М.Г., Макин С.М., Кондратьев М.С., Артюхов В.Г.)
- Хомич Дарья Александровна Изучение механизмов адсорбции катионов Na+ на липидные мембраны на молекулярном уровне (Хомич Д.А., Нестеренко А.М., Ермаков Ю.А.)
- Хренова Мария Григорьевна (Москва, МГУ им М.В. Ломоносова, Химический факультет ) Молекулярное моделирование фотофизических свойств флуоресцентных белков на основе флавина (Хренова М.Г., Коц Е.Д., Немухин А.В.)
- Шавыкин Олег Валерьевич (Санкт-Петербург, Университет ИТМО, ИТТЭК) Исследование структурных характеристик дендримеров с большой асимметрией ветвления методом броуновской динамики (Шавыкин О.В., Михайлов И.В., Неелов И.М., Даринский А.А.)
- Щербаков Кирилл Андревич (Йошкар-Ола, МАРИЙСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ, Институт медицины и естественных наук) Поиск новых потенциальных ингибиторов человеческого андрогенового рецептора (Щербаков К.А., Веселосвкий А.В.)
- Япаров Богдан Ярославович (Екатеринбург, Уральский федеральный университет имени первого Президента России Б.Н.Ельцина, Лаборатория математического моделирования в физиологии и медицине с использованием суперкомпьютерных технологий) Электронно-конформационные преобразования объясняют терморегуляцию и термоактивацию ионных каналов (Япаров Б.Я, Окенов А.О, Москвин А.С.)
|